ภัยคุกคามหลักต่อความหลากหลายทางชีวภาพในพื้นที่ชุ่มน้ำลุ่มแม่น้ำสงครามตอนล่าง ปัญหาที่แจกแจงโดยสังเขปต่อไปนี้

ปัญหาที่แจกแจงโดยสังเขปต่อไปนี้ เป็นภัยคุกคามอันสำคัญยิ่งต่อความหลากหลายทางชีวภาพในลุ่มน้ำสงครามตอนล่าง ทั้งต่อระบบนิเวศ ต่อแหล่งที่อยู่อาศัย และต่อชนิดพันธุ์ตามลำดับ ส่วนรายละเอียดในตารางที่ 1 เป็นการวิเคราะห์สาเหตุรากฐานของปัญหาภัยคุกคามดังกล่าว

• ปัญหาน้ำท่วมขังถาวร. มีการเสนอโครงการก่อสร้างเขื่อนบนแม่น้ำสงครามเพื่อควบคุมภาวะน้ำท่วมและเพื่อการชลประทาน โดยให้เขื่อนตั้งอยู่เหนือที่บรรจบกับแม่น้ำโขงไปทางต้นน้ำเป็นระยะทาง 8 กิโลเมตร ซึ่งจะส่งผลให้พื้นที่โครงการสาธิตประมาณ 14000 เฮคแตร์ หรือ 2,240 ไร่มีน้ำท่วมขังถาวร และทำให้พื้นที่ทั้งหมดที่มีน้ำท่วมขังในแต่ละปีลดลงประมาณ 30000 เฮคเตอร์ หรือ 4,800 ไร่ หากการพัฒนาก่อสร้างเขื่อนดำเนินต่อไปตามแผน จำเป็นต้องมีการพิจารณาทบทวนความเป็นไปได้ของการดำเนินกิจกรรมต่างๆ ในพื้นที่สาธิตที่ได้เสนอมาอย่างรอบคอบ
• การพัฒนาโครงสร้างพื้นฐาน โดยเฉพาะระบบควบคุมน้ำที่มีการก่อสร้างเขื่อนขนาดเล็กหรือทำนบ. กำแพงกั้นน้ำ เขื่อนขนาดเล็ก ทำนบ และอ่างเก็บน้ำที่ก่อสร้างขึ้นจำนวนมากมายในลำน้ำสาขาของแม่น้ำสงครามเพื่อสนับสนุนระบบชลประทานนั้น ทำให้สภาพทางอุทกวิทยาทางธรรมชาติของลุ่มน้ำนี้ถูกปรับเปลี่ยนไป และกลายเป็นสิ่งกีดขวางเส้นทางย้ายถิ่นของฝูงปลาจากแม่น้ำโขงสู่แม่น้ำสงครามและจากแม่น้ำสงครามสู่แม่น้ำโขง
• การจัดการทรัพยากรธรรมชาติอย่างไม่ยั่งยืน. การทำสวนยูคาลิปตัสขนาดใหญ่และการเลี้ยงฝูงวัวในทุ่งหญ้าในป่าที่น้ำท่วมขัง ทำให้โครงสร้างของแหล่งที่อยู่อาศัยในพื้นที่ชุ่มน้ำถูกทำลาย ปัจจุบันการหักร้างถางป่าที่มีน้ำท่วมขังยังคงมีอยู่อย่างต่อเนื่อง เพื่อนำที่ดินมาใช้ทำการเกษตรแบบเร่งรัดที่ทำกันอย่างกว้างขวาง การสูญเสียแหล่งที่อยู่อาศัยของพืชและสัตว์ป่า จะทำให้ความหลากหลายทางชีวภาพในพื้นที่ชุ่มน้ำมีคุณค่าลดน้อยลงเป็นลำดับ
• คุณภาพน้ำที่เสื่อมโทรมลง. น้ำในแม่น้ำสงครามที่เป็นแหล่งที่อยู่อาศัยของชาวบ้าน มีมลพิษอยู่ในระดับสูง สืบเนื่องจากการใช้สารเคมีในการทำการเกษตร นอกจากนี้ ความเจริญของหมู่บ้าน ภาคอุตสาหกรรม และการพาณิชย์ที่ขยายตัวเพิ่มขึ้น ล้วนมีส่วนในการเพิ่มมลพิษทางน้ำให้รุนแรงยิ่งขึ้น สารกำจัดวัชพืชทำให้พรรณพืชในพื้นที่ชุ่มน้ำเปลี่ยนแปลงไป ขณะที่สารกำจัดแมลงและของเสียจากอุตสาหกรรมทำให้พืชและสัตว์ชนิดพันธุ์ต่างๆ รุ่นต่อไปมีสารพิษตกค้างสูงขึ้น ปุ๋ยเคมีและสิ่งปฏิกูลจากบ้านเรือนซึ่งเป็นอาหารของพื้ชเกิดการสะสมในแม่น้ำลำคลอง ส่งผลให้สาหร่ายและพืชน้ำชั้นต่ำเจริญเติบโตอย่างรวดเร็วจนสิ่งมีชีวิตอื่นไม่สามารถดำรงอยู่ได้ ปัจจุบันสิ่งเหล่านี้ยังไม่เป็นภัยคุกคามต่อความหลากหลายทางชีวภาพของโลก แต่มลภาวะอาจเป็นภัยคุกคามเสียเอง ถ้าแหล่งกำเนิดมลพิษไม่ได้รับการแก้ไข
• การจัดการที่มุ่งเน้นเฉพาะระบบนิเวศบนบกของลุ่มน้ำ. การจัดการพื้นที่สาธิตที่เน้นของระบบนิเวศที่ดำเนินการอยู่ในขณะนี้ ไม่ค่อยให้ความสนใจต่อประเด็นผลประโยชน์ที่ได้รับจากแหล่งที่อยู่อาศัยในพื้นที่ชุ่มน้ำ จึงทำให้คุณค่าของความหลากหลายทางชีวภาพในพื้นที่ชุ่มน้ำถูกทำลายให้เสื่อมโทรมลงไป
• การนำเข้ามาซึ่งปลาต่างถิ่นชนิดพันธุ์ที่บุกรุกรวดเร็ว. ขณะนี้มีการเพาะเลี้ยงปลาพันธุ์ต่างๆ ในลุ่มแม่น้ำสงครามตอนล่างมากกว่า 1 ล้านชนิดพันธุ์ เป็นชนิดพันธุ์ต่างถิ่นที่อาจแพร่พันธุ์บุกรุกอย่างรวดเร็ว ถ้าชนิดพันธุ์เหล่านี้หนีหลุดรอดไปสู่ธรรมชาติได้ จะสามารถแย่งชิงอยู่รอดได้เหนือกว่าชนิดพันธุ์ประจำถิ่น ส่งผลให้โครงสร้างของพันธุ์ปลาโดยรวมเปลี่ยนแปลงไป
• การจับปลาอย่างไม่ถูกต้องทำให้ปริมาณปลาลดลงและความหลากหลายทางชีวภาพที่เกี่ยวเนื่องกับพันธุ์ปลาเสื่อมโทรมลง. การจับปลามากเกินควรและวิธีการจับปลาแบบทำลายล้างเป็นภัยคุกคามอย่างใหญ่หลวงต่อปลาหลากหลายชนิดพันธุ์ในลุ่มแม่น้ำโขง วิธีการจับปลาที่ใช้เครื่องมือทันสมัยมากขึ้น และ การให้ “สัมปทานการจับปลา” ที่อนุญาตให้ใช้ตาข่ายรูถี่กั้นขวางทั้งลำธาร เป็นวิธีจับปลาที่ปฏิบัติกันโดยทั่วไปและทำกันอย่างกว้างขวางขึ้น ก่อให้เกิดความขัดแย้งระหว่างชาวประมงรายย่อยและรายใหญ่อยู่ในขณะนี้